През 2017 г. Елена Йончева става част от инициативния комитет, който издига кандидатурата на Румен Радев за президент. След като той става президент, е назначена като прессекретар на държавния глава. Същата година тя напуска тази длъжност и участва в предсрочните парламентарни избори като водач на листата на „БСП за България“ в 29-ти Многомандатен избирателен район – Хасково. Като народен представител в 44-тото Народно събрание, тя е говорител на парламентарната група на „БСП за България“, каквато длъжност заема и до момента. Член е на Комисията по външна политика и на Комисията по културата и медиите в 44-тия парламент.
През 2017 година Елена Йончева обвинява в корупция депутата от ГЕРБ Делян Добрев. Тя твърди, че община Хасково е подчинена и управлявана от един приятелско-роднински кръг до Добрев. Според нея, близки до него са печелили обществени поръчки за финансираното от държавата саниране на панелни блокове, строителство и ремонт на пътища, и строителство на сметища.
Малко след това Йончева заснема документалния филм „Граница”, който според нея е битка срещу корупцията при изграждането на преградното съоръжение на границата с Турция и и разкрива нарушения при ползването на обществени средства.
Елена Йончева е част от 21 депутати, които искат независима техническа експертиза на автомагистралите "Тракия", "Хемус", "Струма" и "Марица", както и на първокласен път I-1 - Видин - Кулата и второкласен път II-18 - Околовръстен път на София. Искането е по повод катастрофата при пътя край Своге, където загиват 20 души, а настилката се оказва некачествена.
В началото на тази година Йончева е обвинена от прокуратурата в „изпиране" на 333 000 евро от КТБ, извършено между 13 юни 2012 година и 6 ноември 2014. Според обвиненията на специализираната прокуратура, Йончева е знаела, че парите са предварително източени от КТБ от мажоритарния ѝ собственик Цветан Василев. Усвоени са от самата нея чрез регистрирана съвместна фирма с офшорка от Вирджинските острови - по думите ѝ, за закупуване на техника, с която да снима документални филми за TV7.
Елена Йончева е избрана за водач на листата на „БСП за България“ за евровотa през май. Кандидатурата на Йончева е предложена от Изпълнителното бюро на партията и представена от лидера на БСП Корнелия Нинова пред Националния съвет.
Освен Йончева, кандидат за първото място в листата е и президентът на ПЕС Сергей Станишев. След проведеното тайно гласуване Йончева получава 95 гласа от Националния съвет, а Станишев - 75.