Izbori.bg направи справка колко министерски оставки има е третия кабинет с министър-председател Бойко Борисов.
На 17 април 2019 г. заместник-министърът на икономиката Александър Манолев подаде оставка заради стартиралата проверка на Върховна касационна прокуратура по повод медийни публикации за злоупотреби със европейски средства. Манолев отрече обвиненията и обяви решението си да освободи поста като лично. Премиерът Бойко Борисов прие оставката му.
На 23 март 2019 г. министърът на правосъдието Цецка Цачева подаде оставка заради информация в медиите за неин апартамент. След разговор с премиера Бойко Борисов, Цачева се оттегли от поста, което решение премиерът прие. По искане на министър- председателя оставка подаде и зам.-министърът на младежта и спорта Ваня Колева. Според информация в медии Цачева и Колева са закупили апартаменти на по-ниски цени от пазарните. В скандала с имотите бяха замесени и председателят на ПГ на ГЕРБ Цветан Цветанов и депутата от ГЕРБ Вежди Рашидов. Антикорупционната комисия се самосезира, за да провери сделките за апартаментите им.
На 16 ноември 2018 г. заместник министър-председателят по икономическата и демографската политика - Валери Симеонов в кабинета „Борисов 3“ подаде оставка, след 26 дни протести на майките на деца с увреждания след негово изказване от 19 октомври. Тогава той заяви: „Този закон беше започнат като опит да се угоди на една група кресливи жени, които спекулираха с децата си, манипулираха обществото, изкарвайки на пек и на дъжд тези уж болни деца, без грам майчинско чувство, грижа за тях“. Още същият ден, в който Симеонов подаде оставка, министър-председателят Бойко Борисов я прие.
На 31 август 2018 г. оставки подават трима министри - Ивайло Московски (министър на транспорта), Николай Нанков (министър на регионалното развитие) и Валентин Радев (министър на вътрешните работи) . С този свой акт тримата министри поемат отговорност за трагичната катастрофа край Своге на 25 август, отнела 20 живота. Вината на тримата министри се дължи на това, че не са взели мерки, за да предотвратят инцидента. Оттеглянето им е поискано от премиера по време на извънредното заседание на правителството.
На 30 октомври 2017 г. министърът на здравеопазването проф. Николай Петров подава оставка, която премиерът Бойко Борисов приема. Решението на Петров идва ден, след като е излъчено медийно разследване, уличаващо министъра, че като шеф на ВМА е сключил договори за близо 1,6 млн. лв с фирмата на мъжа, от когото дъщеря му има дете. Единствените две поръчки, печелени от въпросната фирма, са били само във ВМА и само по времето на Николай Петров. Обществените поръчки са спечелени от компанията, която даже не е била регистрирана по БУЛСТАТ. Случаят е отразен в одитен доклад, но прокуратурата е отказала да образува наказателно производство.
